- تأمين الهيئة ووقاية المرافق والمنشآت التابعة لها من أعمال التخريب وحراساتها مع الالتزام بالاجراءات القانونية لتحقيق هذا الغرض.
- تنفيذ كافة إجراءات أمن المنشآت والممتلكات مع وضع التعليمات المنظمة للحراسة الداخلية والخارجية والمحافظة على الاسرار الخاصة بها ضد محاولات التجسس.
- العمل على ضمان سرية مناقشات اللجان والمؤتمرات المتعلقة بنشاط الهيئة والقرارات التى تتخذها إذا كانت الموضوعات لها طابع السرية مع سلامة تداول المعلومات وحفظها وسرية الوثائق ونظام إعدامها.
- تأمين كافة صور الدخول للهيئة والمبانى التابعة لها والخروج منها.
- تأمين جميع وسائل الاتصال السلكية واللاسلكية والبريدية وغيرها مع وضع تعليمات الأمن بشأن أجهزة تصوير المستندات والتلكس ونظام العمل بالمطبعة.
- إبداء الرأى فى المعلومات والبيانات الإحصائية أو الخرائط أو الوثائق الرسمية التى تطلبها أى جهة سواء كانت مصرية أو أجنبية وذلك قبل السماح بإعطائها هذه البيانات.
- القيام بإعداد تصاريح دخول الدائرة الجمركية للعاملين بالهيئة أو الزائرين وتأمين دخولهم.
- إعداد الخطة السنوية للمرور المعلن والغير معلن على إدارات الأمن المختلفة.
وتنقسم الإدارة العامة للأمن إلى :
- إدارة أمن الإسكندرية وغرب الدلتا.
- إدارة أمن القناه ودمياط .
- إدارة أمن البحر الأحمر وسيناء .